Op Bonaire komen een groot aantal dieren voor. Sommige soorten komen zelfs alleen op de drie Benedenwindse eilanden voor.
Zoals op veel eilanden in Caribisch gebied, komen er op Bonaire ook verschillende soorten reptielen en amfibieën voor. Op de drie ABC-eilanden zijn er ongeveer 16 soorten. Een bekende soort is de blauwgekleurde hagedis blauw-blauw (blo blo; Cnemidophorus Murinus Ruthveni). Deze soort lijkt sterk op zijn soortgenoot uit Aruba. De totèki is een kleine boomhagedis (Phyllodactylus Martini). Als er gevaar dreigt of als de hagedis indruk wilt maken op een vrouwtje, kan hij zijn oranje-gele keelzak opzetten. Een gekko, de pega pega (Gonatodes Antillensis of Gymnodactylus Antillensis) is slechts enkele centimers groot. De pega pega is dikwijls te vinden in de buurt van woningen, bij voorkeur in het schemer van verlichting op zoek naar insecten. Er is één kleine slangesoort op Bonaire, de zilverslang. Deze is geheel ongevaarlijk en eet alleen kleine insecten. Veruit het grootste reptiel dat op Bonaire leeft, is de leguaan. Deze kan 1,5 meter lang worden. In het Washington Park zijn de leguanen gewend geraakt aan mensen en kunnen van dichtbij worden benaderd.
Verschillende grote dieren zijn in de koloniale tijd door Spanjaarden en Nederlanders op het eiland geïntroduceerd voor verschillende doeleinden: katten, honden, geiten, ezels en paarden. De geiten en ezels zijn op verschillende plaatsen op het eiland in het wild te zien. In het verkeer moet hier rekening mee worden gehouden.
Op Bonaire komen 9 verschillende soorten vleermuizen voor. Deze houden zich overdag veelal schuil in grotten. Deze vleermuizen zijn belangrijk voor de bestuiving van vele cactussen.
Op Bonaire zijn er circa 200 vogelsoorten aanwezig. Eén van de bekendste vogels is de flamingo. Deze kunnen in grote aantallen aanwezig zijn in het Washington Park en Pekelmeer. Een andere, maar tevens een zeldzame vogel, is de groen-gele lora. Deze lijkt op de Bonairiaanse parkiet prikichi (Aratinga Pertinax). Bij het strand, zoutmeren en mangrovebossen zijn verschillende watervogels te zien, zoals steltlopers, witte reigers en kluten. Aan de kust zijn fregatvogels, bruine pelikanen, aalscholvers en visarenden te zien.
Een opvallende vogel op Bonaire is de oranje troepiaal. Het kleine suikerdiefje is net zo talrijk als de mus in Nederland, net als een kleine duif de totolica.
Er zijn nog een aantal andere diersoorten die veel op Bonaire voorkomen. In sommige gevallen is er zelfs een eigen website aan ontleend. Hieronder staan een aantal externe websites vermeld:
Een overzicht van websites over de natuur van Bonaire staat vermeld in de rubriek Natuur.