Op circa 800 meter van de kust ten westen van Kralendijk, ligt het zes vierkante kilometer grote eiland Klein Bonaire. Het eiland is onbewoond, maar het strand op het eiland is een belangrijke broedplaats voor zeeschildpadden. Vroeger hebben hier wel een aantal mensen gewoond. De restanten van een huis en een baken in het noordwesten zijn hiervan het bewijs. Een lage oude muur vanaf de kust leidt naar de overbijfselen van de vroegere huis. Een deel van de muren, gemaakt van stenen, is nog intact. De restanten van het zgn. lessenaarsdak liggen nu op de grond. Waarschijnlijk bestond de woning uit een woonkamer en een slaapkamer, met een keuken die later was aangebouwd. Bij deze woning zijn nog een schouw en een oven aanwezig.
Verder zijn er muren aanwezig die dienst deden om geiten te houden. Dit zou de woning zijn geweest van overheidsdokter die hier leefde. Van 1849 tot 1854 was dit een quarantainestation. Schepen met fruit en groente die naar Bonaire reisden, moesten eerst langs Klein Bonaire voor controle op cholera. In 1856 reisde een fruitboot uit Venezuela rechtstreeks naar Lac waar een opvarende overleed. Nadat het schip naar Slagbaai voer, werd het hele eiland Bonaire besmet met cholera. In drie maanden tijd kwamen meer dan 100 mensen om het leven, zo'n 4 % van de gehele bevolking.
In 1868 werd door een openbare veiling zo'n 600 hectare land verkocht. Het eiland zou "ideaal zijn voor het houden van geiten". Voor 8000 Gulden werd Anjel J. Jesurun de nieuwe eigenaar. Na 1890 had Klein Bonaire verschillende eigenaren en uiteindelijk in 1870 verkocht aan de Klein Bonaire Development Corporation. In 1995 ontstond het idee om een all inclusive resort te bouwen met een pier, winkels en zelfs een brug naar het hoofdeiland. Hierna werd er fel geprotesteerd door o.a. Bart Snelder, Bruce Bowker, Kitty Handschuh, Dee Scarr, The Bonaire Reporter (voorheen Port Call), kranten, magazines en stichtingen. In 1996 werd een stichting opgericht, de Foundation Preserve Klein Bonaire (FPKB). Uiteindelijk heeft de stichting 9 miljoen Gulden gedoneerd gekregen om Klein Bonaire te kopen. Vanaf 30 december 1999 werd Klein Bonaire voor altijd teruggegeven aan de inwoners van Bonaire.
In 2001 kreeg Klein Bonaire de status van beschermd gebied en werd het onderdeel van het Bonaire Marine Park.
In 2012 heeft Rijkswaterstaat DNZ (Dienst Noordzee) alle vijf vuurtorens op Bonaire en Klein Bonaire gerenoveerd. Als laatste kreeg Klein Bonaire op 15 september 2012 een nieuwe mast. Deze werkt geheel op zonne-energie en batterijen voor 's nachts. De overheid van Bonaire is verantwoordelijk voor de masten en gebouwen. Radio Holland Curacao is verantwoordelijk voor de verlichting en stroom.
Dagelijks vaart een watertaxi naar Klein Bonaire voor het strand, te duiken of om te snorkelen. Er zijn geen faciliteiten op het eiland.